Le terme de deuxième cycle désigne la période d’études conduisant soit aux licences canoniques en philosophie ou en théologie (maîtrises), soit à un diplôme d’études théologiques ou philosophiques.

Dans le prolongement d’études antérieures en philosophie et/ou en théologie, le deuxième cycle favorise un approfondissement et un élargissement des connaissances. Il permet en outre que s’engage une spécialisation à partir des intérêts intellectuels ou pratiques des étudiants et de leur orientation pour l’avenir.
L’accent est mis sur le travail personnel : chaque étudiant prend le temps de se confronter à des auteurs et des textes importants, en plus de ceux qu’il est amené à travailler dans le cadre des séminaires, ateliers et groupes de lecture.
La direction et l’organisation du deuxième cycle sont assurées par un directeur assisté d’une équipe animatrice dont font partie deux étudiants, élus par l’ensemble des étudiants du cycle. Cette équipe a la charge de l’animation pédagogique et du bon fonctionnement du cycle.

La formation à la pratique du ministère presbytéral relève de la responsabilité des instituts auxquels appartiennent les étudiants.

Caractéristiques générales

Le deuxième cycle se caractérise par :
- Un parcours d’études qui implique la participation à deux sessions chaque année, à des séminaires et ateliers. Outre la rédaction d’un dossier d’études à la fin de chaque année, il conduit à l’écriture d’un mémoire de 60 à 80 pages qui manifeste un investissement personnel, témoigne de la capacité de jugement sur une question et se présente comme la mise en rapport réfléchie de problématiques et d’auteurs.
- La personnalisation des études : chaque étudiant établit un contrat d’études avec le directeur du deuxième cycle. Le programme d’études de chacun est déterminé en fonction de ses études antérieures, de ses engagements actuels, de la spécialisation choisie et de son orientation future.
- L’accent mis sur le travail personnel afin que chaque étudiant prenne le temps de se confronter à des auteurs et des textes importants en dehors de ceux qu’il est amené à rencontrer dans le cadre des séminaires, ateliers et autres travaux de groupe.
- La participation des étudiants à la marche du cycle, notamment pour l’organisation des sessions et par la constitution de groupes de travail consacrés à la lecture d’ouvrages spécifiques.